도널드 모덴을 따르는 반란군이 지구 전역을 정복하고

얼마 남지 않은 영토만을 간신히 정규군이 사수하고 있을때

탈취당한 메탈슬러그의 기술을 해독하는것을 방지하기 위해

메탈슬러그들을 재탈취겸 모덴군의 후방을 교란할 겸 해서

정규군의 현장 전투 요원들이 모덴군의 후방을 들쑤시고 다니다가

모덴군의 총 본부로 갈수 있는 '기억의 바다'가 있는곳으로 몰래 잠입할수 있는 길이 발견된다

벨기에 지역에서 모덴을 암살하려다 실패했던 정규군은

무슨 수를 써서라도 모덴을 체포, 혹은 사살한다면 적어도 한숨 돌릴수 있을것이라고 판단하고

어차피 현상유지해봐야 말라 죽을뿐이라는 의견이 대두되어.

남은 모든것을 건, 최후의 기습작전을 입안한다.

하지만 작전에 투입할수 있는 병력이 거의 없었다

기갑부대는 투입하기에는 이미 모든 병력이 최전선에서 모덴군을 막아서는데 투입되고있었고

설사 투입한다고 해도 중차량은 이번에 발견된 루트를 모덴군에게 들키지 않고 통과하는것은 무리였다

하지만 한가지 비장의 카드가 있었으니, 정보부 특수부대가 회수해온 경전차 메탈슬러그였다.

메탈슬러는 거의 보병급 사이즈를 자랑했고 기동성도 뛰어나서 잠입루트를 이용할수도 있었던 것이다.

경전차 특성상 전면전엔 어울리지 않아서 보관해두고 있었던게 신의 한수가 되었던 것.

그 외에 남은 병력을 긁어모아서. 병력은 세 종류로 편성되었다

1파는 메탈슬러그로 편성된 경전차 강습대.

이 메탈슬러그들은 정말 뒤도 돌아보지 않고 무조건 모덴군 본부를 향해 강행 돌파를 하는 부대다

2파는 얼마 남지 않은 정예부대를 혼성 편성한 충격부대.

메탈슬러그들이 짓밟아서 혼란이 빠진 적 부대를 빠르게 섬멸하여 제 3파를 위한 길을 여는 부대다

3파는 숫적 주력을 맡는, 말그대로 잡병부대로

자원한 민병대원,  싸울수 있을정도로는 회복한 부상병, 재배치를 대기하고 있던 패잔병등, 싸울수 있는 병사면 다 쳐넣은 잡탕부대로

2파가 확보한 진공루트를 통해 빠르게 진격하고 아직도 살아남은 1파와 2파 병력이 있다면 그들과 합세.

모덴군 사령부에서의 최종전을 치룰 주력 부대였다

출격하는 제 1파, 경전차 강습대.

플레이어가 회수해왔던 메탈슬러그로 구성되어있다 

일반적인 전차면 엄두도 못낼 통나무 다리를 재빠르게 건너가는 기동성이 인상적.

플레이어는 2파인 충격부대로 1파가 뚫고 나간 잔병들을 처리한다

하지만 역시 적의 본진. 잔병들이라고 해도 상당한 숫자다

모덴군의 치열한 저항에.

초반부터 파괴된 메탈슬러그 한기

도널드 모덴이 땅뿅뿅기로 세계정복을 목전에 둔게 아니라는걸 보여주려는듯

모덴도 눈치를 채고 공병대를 투입.

유일하게 사령부가 있는 섬과 육지를 잇는 다리를 파괴하라는 명령을 내려둔 상태였다

하지만 모덴군 공병대는 아직 다리 파괴를 하지 못한 상태에서

메탈슬러그의 강습을 받아. 플레이어가 도착할때까지도 폭파를 성공하지 못한 상황이였고

플레이어는 공병대와 교전, 폭파를 저지하는데 성공한다

하지만 이미 폭파 준비 자체는 끝난 상황이였고.

 결국 공병대 대신 도널드 모덴이 손수 날아와서

준비된 폭발물들을 기폭. 다리를 끊어버린다

다리가 끊어져 주력부대인 제3파는 섬까지 갈 방법을 잃어서 

임무는 실패하고 만다.

여기서 이야기는 다른곳을 봐야한다

모덴군의 본부는 섬이였고. 당연히 주둔함대가 있었다

다수의 전함과 항공모함이 지키고 있는 상황에서 

경전차들과 보병들을 밀어넣어봐야 전멸할게 뻔한 일

때문에 이 주둔함대의 시선을 끌기 위한 양동작전을 벌여야 했다

하지만 정규군 해군도 딱히 여력이 없는 상황인지라

말그대로 움직일수 있는 무기라면 죄다 끌어다가 쓰는 상황에 빠졌다

그렇게 투입한 해군도 가능한 방어선을 뚫고 육군을 지원하라는 임무를 받았지만

모덴군 주둔함대가 철통같이 지키는 바다에는

기뢰까지 쫘아악 깔린 상황이라

지원은 커녕 접근 자체가 불가능한 상황.

그런데 그 바다를.

수십년 전에 건조되어. 예비역으로 돌려진지도 오래에

박물관으로나 써야 하지 않나 소리를 듣던 

낡아빠진 잠수함

미들선 1986년식 잠수함이 

노병들의 노련한 조종 아래

모덴 해군의 후방으로 잠입하는데 성공한다.

하지만 어뢰도 미사일도 다 써버린 미들선은 아무것도 할수가 없는 상황이였으나

마침 다리가 파괴되어 하늘에서 떨어지고 있던  보병들을 발견. 

긴급 부상하여 익사하기 직전의 보병들을 건져낸다 

뒤늦게서야 미들선이 자신들 후방에 잠입했다는걸 알아챈 모덴 해군은

함재기를 급파, 미들선을 격침하려 시도하지만

간신히 목숨을 건진 보병들이 갑판에 설치된 대공포를 잡고 치열하게 응전하여 격침에 실패하고

미들선은 아직 살아남은 모덴군 공병대를 사살하며 

섬을 향해 전진한다

간신히 섬에 도착한 미들선은 

보병들이 상륙에 쓸 장비도 없고. 시간도 없다는것을 감안.

냅다 전속전진으로 섬에 돌진.

좌초해버렸지만 보병들을 섬에 상륙시키는데 성공한다.

그리고 더이상 아무것도 할수 없어진 수병들을 

섬에 올수 없는 제3파를 대신한 지원병력으로 받아들이고

모덴군의 사령부를 향해 전진한다

그런데 이상한것은

 상륙하는 순간이 가장 취약한 법이고

미들선이 접근중이란것을 모덴군도 이미 알고있었을텐데

방어병력이 거의 없고 

오히려 격파된 모덴군의 차량과 수비대원의 시신이 있을 뿐이였다

그 이유는 곧 밝혀진다.

1파였던 메탈슬러그들이 기어코 이 섬까지 돌파하는데 성공.

격파되는 순간까지 해안 수비병력을 도륙해버린것.

이래서야 알고도 당할수밖에 없었다

정규군 최후의 육전 세력은 남아있는 해안가 방어병력을 격파하며 사령부까지 접근하는데 성공한다

사령부에까지 도착은 했는데... 의외의 사실이 밝혀진다

1파 최후의 마지막 전차들이

모덴군 사령부까지 접근하는데 성공. 방어병력 다수와 함께 동귀어진해버렸던것

때문에 주인공들을 막아설 병력이 거의 없어져 버렸고 

도널드 모덴은 마지막 남은 병력인 수송헬기를 타고 나와

주인공들과 맞서다 격추되어

생포되고

예상치 못한 모덴의 생포소식에 

사기가 급락한 모덴군은 세계 각지에서 공황에 빠져

철수하게 된다